在第三季里，是神奇仙子开始在艾菲城学院的第三学期，神奇仙子得在自己的家乡，靠着自己的力量为某人做出牺牲，得到了独特的变身能力，并成为超仙灵女（Enchantix），也就是真正的仙子。而也有新的成员-那布(Nabu)，和新的敌人-魔陀(Valtor)。

神奇仙子接受法拉刚达的聘书，以魔法老师的身分回到艾菲城学院。不久四位神秘的巫师闯进艾菲城学院发动攻击，以压倒性优势击败神奇仙子。当他们抓住蕾儿的时候发现蕾儿不是他们的目标，便丢下蕾儿离开。法拉刚达这才告诉神奇仙子那些巫师是暗黑界巫师，就是他们让地球仙子绝迹。神奇仙子后来到小精灵村，得知地球上还有最后一位仙子。如果让巫师抓到最后一位仙子，他们就所向无敌。法拉刚达派神奇仙子前往地球，除了找出地球最后一位仙子，还要让地球人相信仙子的存在。在神奇仙子前往地球后，圣英雄也跟上支援。

住在地球花园市的一个平凡女孩“蕾儿”，在因缘之下认识了一位仙子丝黛娜之后，进入魔法仙境的艾菲城学院就读，在那里结交了几位仙子朋友，并共同成立了“神奇仙子”。一开始来自黑云塔学院的三妖后原本主要找神奇仙子麻烦，红山泉学院的男角色也相继出现。蕾儿逐渐发现自己的身世，并得知自己是神龙圣火的守护天女。三妖后自从被逐出黑云塔学院以后找到机会对蕾儿下手，夺走神龙圣火之力，召唤魔物大军席卷整个魔法仙境。蕾儿恢复法力，和神奇仙子同伴们阻止三妖后，最终击败三妖后夺回神龙圣火化解危机。

法拉刚达展示了仙女们的欧菲雅自然公园，这里有来自世界各地的最稀有的神奇动物。在这个新系列中，我们将发现动物真正的重要性，揭示出魔法本身的主要力量与动物有关，这是一种特殊生物的小型万神殿。每个神奇动物，从最小的到最大的，都有一小部分魔法，天赋，能力，价值。在他们的冒险中，必须拯救来自卡尔萨瑞的神奇动物，卡尔萨瑞是一个邪恶的变形动物，还有她的兄弟巴菲里斯，一个有趣而笨拙的魔法师。拯救了第一个处于危险中的神奇动物，六个女孩实现了一个新的转变，让他们与六只神奇动物有特殊的联系：每个仙女都会拯救其中一只动物，拯救将在仙女之间创造一种神奇和情感的联系。和那个生物。危险的濒危动物和动物的主题将在整个第7季重演：与动物的仙女一起，六个仙女将在栀子花 - 地球上 - 建立一个救援之家，他们可以暂时饲养动物的地方在将它们带回自然栖息地之前需要小心。因此，女孩们不仅会在魔法维度的不同世界中，而且还会在地球上执行任务，提高公众对动物事业的认识，并迅速回应来自世界各个角落的各种呼救，直至最终使命：发现神奇动物的终极力量，它可以让它的主人控制魔法宇宙的所有动物。

法拉刚达展示了仙女们的欧菲雅自然公园，这里有来自世界各地的最稀有的神奇动物。在这个新系列中，我们将发现动物真正的重要性，揭示出魔法本身的主要力量与动物有关，这是一种特殊生物的小型万神殿。每个神奇动物，从最小的到最大的，都有一小部分魔法，天赋，能力，价值。在他们的冒险中，必须拯救来自卡尔萨瑞的神奇动物，卡尔萨瑞是一个邪恶的变形动物，还有她的兄弟巴菲里斯，一个有趣而笨拙的魔法师。拯救了第一个处于危险中的神奇动物，六个女孩实现了一个新的转变，让他们与六只神奇动物有特殊的联系：每个仙女都会拯救其中一只动物，拯救将在仙女之间创造一种神奇和情感的联系。和那个生物。危险的濒危动物和动物的主题将在整个第7季重演：与动物的仙女一起，六个仙女将在栀子花 - 地球上 - 建立一个救援之家，他们可以暂时饲养动物的地方在将它们带回自然栖息地之前需要小心。因此，女孩们不仅会在魔法维度的不同世界中，而且还会在地球上执行任务，提高公众对动物事业的认识，并迅速回应来自世界各个角落的各种呼救，直至最终使命：发现神奇动物的终极力量，它可以让它的主人控制魔法宇宙的所有动物。

为了WOW!的选秀会，仙灵组来到了地球上，寻找全世界在不同的领域像是歌唱、舞蹈、科技、音乐和艺术等，有天赋和梦想的男孩和女孩们。对仙灵组来说，这是一场有趣但也困难的考验，因为她们必须穿梭在不同的城市间，还必须隐藏她们仙子的身分，同时进行着最艰困的任务:抓到天才小偷，这个神秘却有强大力量的小偷，绑架了许多天才，原因不明，而且绑架事件还在持续中。仙灵组必须乔装自己，把那些天才从危险中救出来，这也让她们常常落入古怪的事件中，因为调查行动不能引人注目，让仙灵组的6位女孩必须从事不同的工作(狗狗保母、记者、服务生等)，只为了最后能找到绑架者的藏身处：一座神秘又魔幻的岛屿。

某日，仙子莱拉从达卡魔王手中逃脱，昏迷在树林边被蕾儿的神奇仙子所救，之后加入神奇仙子并跟着就读艾菲城学院。而三妖后被安置在光圣修道院进行感化教育。达卡魔王入侵光圣修道院带走三妖后并收编，命她们为自己寻找秘笈，好解放自己的力量。随着四部秘笈集齐，达卡魔王成功设计虏获蕾儿并将她转变为黑暗蕾儿，欲藉神龙圣火之力启动秘笈力量，三妖后则以失去利用价值被囚禁。最后在蓝天呼唤下清醒，神奇仙子在启动魔法仙咒（Charmix）的情况下完成聚合力魔法击败达卡魔王。艾菲城学院、红山泉学院和黑云塔学院的联盟再次成功，大家回到艾菲城学院庆祝。另一方面，三妖后也逃脱达卡魔王的囚禁。

在浩瀚无边的宇宙某处，女巫和精灵正进行正邪不两立的对峙战斗。在这称做“仙界”的奇幻世界中，精灵、人类和女巫们都必须为生存而战。形形色色的精灵和女巫，个个都能展现和本身个性相关的超能力。蕾儿和四个好友所组成的“仙灵组”，誓言要打击邪灵，并奋力抵抗“黑云塔学院”的邪恶女巫。

法拉刚达展示了仙女们的欧菲雅自然公园，这里有来自世界各地的最稀有的神奇动物。在这个新系列中，我们将发现动物真正的重要性，揭示出魔法本身的主要力量与动物有关，这是一种特殊生物的小型万神殿。每个神奇动物，从最小的到最大的，都有一小部分魔法，天赋，能力，价值。在他们的冒险中，必须拯救来自卡尔萨瑞的神奇动物，卡尔萨瑞是一个邪恶的变形动物，还有她的兄弟巴菲里斯，一个有趣而笨拙的魔法师。拯救了第一个处于危险中的神奇动物，六个女孩实现了一个新的转变，让他们与六只神奇动物有特殊的联系：每个仙女都会拯救其中一只动物，拯救将在仙女之间创造一种神奇和情感的联系。和那个生物。危险的濒危动物和动物的主题将在整个第7季重演：与动物的仙女一起，六个仙女将在栀子花 - 地球上 - 建立一个救援之家，他们可以暂时饲养动物的地方在将它们带回自然栖息地之前需要小心。因此，女孩们不仅会在魔法维度的不同世界中，而且还会在地球上执行任务，提高公众对动物事业的认识，并迅速回应来自世界各个角落的各种呼救，直至最终使命：发现神奇动物的终极力量，它可以让它的主人控制魔法宇宙的所有动物。

在茫茫宇宙的某个世界“魔法仙境”里，善良和邪恶势力进行斗争，在这个奇幻世界中，存在仙灵（winx）、女巫（witch）、小精灵（pixie）、一般人类以及许多其它各式各样的种族或专业。身为故事主线角色的仙子们平时住在艾菲城学院内相处、学习，处理恋爱上的问题，还要在各种邪恶势力造成威胁的时候挺身奋战……

魔法仙子现在回到了地球，并受到了人们的热烈欢迎与爱戴。在安卓斯海洋世界，那普顿王正要册封他的孩子泥利斯成为下一个掌管海洋皇帝，但仪式进行到一半的时候，被一直想要争夺王位的天那斯——泥利斯的哥哥搞砸了。天那斯企图阻止这场登基大典发生，利用三叉戟将泥利斯弄伤，但最后被击败，并没收了他的魔法，送进了牢狱。在牢狱里，天那斯遇上了三妖后。一座石油钻机，于海中央发生了爆炸事故，导致石油泄漏，魔法仙子被要求协助停止这场可怕的环境污染。蓝天想要将一条象征幸福未来的项链送给蕾儿，寓意未来在一起的日子会幸福快乐，但是他在拯救石油钻机的工人时不小心掉入深海里。

神奇仙子接受法拉刚达的聘书，以魔法老师的身分回到艾菲城学院。不久四位神秘的巫师闯进艾菲城学院发动攻击，以压倒性优势击败神奇仙子。神奇仙子来到小精灵村，得知地球上还有最后一位仙子，如果让巫师抓到最后一位仙子，他们就所向无敌。法拉刚达派神奇仙子前往地球，除了找出地球最后一位仙子，还要让地球人相信仙子的存在。在神奇仙子前往地球后，圣英雄也前来支援。

某日，仙子莱拉从达卡魔王手中逃脱，昏迷在树林边被蕾儿的神奇仙子所救，之后加入神奇仙子并跟着就读艾菲城学院。而三妖后被安置在光圣修道院进行感化教育。 达卡魔王入侵光圣修道院带走三妖后并收编，命她们为自己寻找秘笈，好解放自己的力量。随着四部秘笈集齐，达卡魔王成功设计虏获蕾儿并将她转变为黑暗蕾儿，欲藉神龙圣火之力启动秘笈力量，三妖后则以失去利用价值被囚禁。蕾儿最后在蓝天呼唤下清醒，神奇仙子在启动...

天上的所有星星都神秘地一个接一个地消失，逐渐将魔幻宇宙的各个世界抛入黑暗。看来，魔陀的返回隐瞒了这一可怕的威胁，而魔陀据说是蕾儿用她的魔法仙尘扑灭了龙火精华而击败的。欧菲亚的小精灵将前往索太阳仙界的恒星罗曼尼亚，窦若娜女王用星际魔不可估量的力量赋予它们以保护魔术宇宙的数十亿颗恒星。与他们在一起，还将有一个可爱的新朋友，一个叫做小闪的流明（一种神奇的星形生物，为星核提供动力）。除了星际魔之外，似乎还会重现过去七个季节中的一些流行语，包括仙瑞的新版本和更大版本，每种服装的颜色都完全不同。